水产微生物制剂在水产养殖上是用于净化水质用的。目前有益微生物在水产的应用日益被接受和重视。 水产微生物制剂可迅速降解水体中的残存饲料、鱼类的粪便及其它有机物，特别是清除池塘长时间的养殖水体底部，如海边老虾池底部积累的残余饲料、排泄废物、动植物残体；同时，还能吸收利用水体中的氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质，能有效避免固体有机物和有害物质的积累。这些藻类为主的浮游植物所产生的光合作用，又为池塘底栖动物，水产动物的呼吸，有机物的分解提供氧气，从而形成池塘良性的生态循环。促使有益微生物的大量繁殖，在池塘内形成优势种群，可抑制病原微生物的繁殖，减少疾病发生。 

目前，水产微生物制剂大多是应用在净水，主要用在调节水质方面，在肥水方面用得不多。仅重视微生物制剂单方面作用。其实肥水与净水是有机结合在一起的，两者并不矛盾。而是相辅相成的。所谓的净水就是把水体中的有机物、氦氮等降解，并且能很好地分解养殖生物排泄物、残饵以及浮游植物残体等有机物，使之先分解为小分子(多肽、高级脂肪酸等)．后为更小分子有机物(氨基酸、低级脂肪酸、单糖、环烃等)，最终分解为二氧化碳、硝酸盐、硫酸盐等，有效地降低了水中的COP、BOD，在水质净化中通过氧化、还原、光合、同化、异化把有机物转变为简单的化合物，净化了水体环境．从而有效地改善了水质，且能促进单细胞藻大量繁殖。水体中的浮游植物特别是浮游单细胞藻类(绿藻、硅藻等)利用水体微生物制剂分解养殖生物排泄物、残饵以及浮游植物残体等的有机物转变为简单的化合物及无机元素作为自己的营养物质，在水产微生物制剂的理化和高效化的作用下，迅速大量繁殖起来，使得水体变得肥绿、嫩爽，这就是养殖者所说的肥水。投苗前7~10天开始肥水，先全塘施放水体资源再生素+单细胞藻小球藻+藻神+水生动植物速长灵，肥水复合菌，同时加酵母蛋白粉每亩3公斤，保持稳定的透明度，定期补充营养元素。

藻类不但能产生氧气，而且还可以稳定水质的物理、化学要素、消除氨氮、亚硝酸盐等有害物质。如藻类大量繁殖，水色过浓，透明度小于20厘米，一般用净水的生物制剂来调节水色，也可用碘制剂。如水色过清，透明度大于60厘米，除适量换水外，还要向塘中引入藻相较好的藻液，适量施培藻基，形成有益藻相。养殖过程中尤其要注意连续阴雨天或大雨过后藻相变化，及时采取相应措施修复藻相。

芽孢杆菌、硝化菌、光合菌、酵母菌生物制剂可有效吸收氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质，分解大分子有机物，抑制有害细菌的大量繁殖，是目前较多采用的改水方法，也是今后推广无公害养殖必须采取的重要措施。水质恶化，藻相较差时，应尽快使用芽孢杆菌或光合菌，硝化菌，其繁殖较慢，应提前投放。但都要避开消毒药物，一般消毒药施用4-5天后方可施用活性生物制剂。通常15天左右施用一次，酌情用量，但谨防过量。

亚硝酸盐、氨氮的调控培养有益浮游藻类，发挥其强大的氨吸收功能；或在池塘水面小区域内种殖水生植物，最重要的是平?水体营养。水体四要素定期补充：一、植物小球藻+细胞分裂素藻神。二、微生物：肥水复合菌+净水复合菌。三、平衡氮元素：解磷活水素+鸿吉硅王。四、肥水解毒：酵母蛋白粉+氨基酸菌藻旺+鸿吉解毒灵。

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